经夏鼐等专家鉴定,三口棺椁中,中间的那一口是神宗朱翊钧的,左边的那口是孝端皇后的,右边的是孝靖皇后的。帝后的棺椁均施朱漆,椁用松木制成,棺由楠木制成。椁大都腐朽倒塌,万历帝和孝端后的棺木保存尚好,孝靖后的棺木可能由于迁葬的缘故,已腐朽得难以复原。面对这腐朽程度不一的三口棺椁,夏鼐决定先清理孝靖皇后的那口。
孝靖皇后王氏,宣府都司左卫人,锦衣卫指挥佥事王朝窭之女,原是皇太后慈宁宫中的宫女,万历十年(1582年)以身孕封为“恭妃”,万历三十四年(1606年)进封皇贵妃,万历三十九年(1611年)九月去世。因明制非皇后不得入陵,故未葬定陵,而葬天寿山东井左侧的平岗地。万历四十八年(1620年)7月,神宗朱翊钧卒,38岁的长子朱常洛继位,是为光宗,母以子贵,朱常洛追谥母亲王氏为皇太后,但仪礼未成,自己先崩,由此还闹出一场沸沸扬扬的“红丸案”。是年9月,朱常洛之子朱由校继位,是为熹宗,尊谥祖母王氏为“孝靖温懿敬让参天胤圣皇太后”。10月,神宗朱翊钧和孝端皇后葬入定陵,孝靖皇后也从东井平岗地迁葬定陵。
在清理孝靖皇后的棺椁时也闹出了一则笑话。在以往考古发掘清理古墓时,往往衣物棺木等都烂掉了,只剩些骨骼和青铜、陶瓷器之类不易腐烂的物件,还不觉得怎么害怕。而定陵就不同了,它离现代很近,棺内死者的衣服还没有烂掉,有的衣服及丝锦的颜色非常鲜艳,如新的一般,只是没有新的那样有韧性而已,因而工作队员们有一种恐惧感。当队员们把棺内死者盖的寿被、寿单和棺内两侧塞的成匹的织锦缎一卷卷地拿出来,接着把孝靖皇后盖的棉被寿单连揭带抓清理完后,露出了死者着黄锦缎袄的腹部。一个队员用手一按,腹部还忽暄忽暄的,当时他以为尸体还没有腐烂,吓得提起工具包就往上跑。其他队员不知怎么回事,也跟着从地宫跑上来。朱欣陶主任、赵其昌、白万玉问他怎么一回事,他说尸体还没有坏呢,用手一按,肚子还忽暄忽暄的。朱主任立即给北京城里打电话,叫派医生来。第二天,赵其昌叫木工师傅做了个木槽子,准备盛防腐的药泡尸体。北大医学院的医生也带着防腐药开着车赶来了,他们到地宫去一检查,发现不是尸体没有坏,而是孝靖皇后穿的黄锦缎袄有弹性。尸体已经腐烂,仅剩骨骼。这则笑话使大家虚惊了一场。
孝靖皇后的棺内不仅随葬有成匹成匹的锦缎、衣服、金银器,而且头部位置放有两副首饰。据分析,其中一副是死时陪葬的,另一副是迁葬时陪葬的。她的棺椁周围放有玉石、香料、青花梅瓶,棺椁上还放有木制的仪仗和旗幡。
接着清理的是孝端皇后的棺椁。孝端皇后王氏,系神宗皇帝的原配,浙江余姚人,永年伯王伟之女,生于京师。万历六年(1578年)二月册立为皇后,万历四十八年(1620年)四月病故。按明朝制度,帝后死,出百日才能葬,可还不到三个月,到七月二十一日朱翊钧也死了,故与神宗一同于是年十月葬于定陵。孝端皇后上盖缎被,被下放置衣服和金、银器,尸体下是一床织金缎被,下有四层褥垫,其中一件上缀有“消灾延寿”金钱100枚。皇后头戴黑纱尖形棕帽,上插金簪、金钗,上身着绣龙方补黄绸夹衣,下穿黄色缠枝莲花缎夹裤,腰系绣云龙纹长裙,足蹬黄缎鞋。孝端皇后也仅存骨骼。
最后清理的是神宗朱翊钧的棺椁。朱翊钧的棺椁最大,长3.3米,高1.8米,棺内除他的尸体外,塞满了各种陪葬品。他最上层盖的是织锦被,被下放着袍服和织饰匹料,尸体下垫着一条锦被,被下还垫着9层被褥,其中一件褥上缝缀“吉祥如意”金钱17枚。万历帝身着刺绣衮服,腰系玉带,头戴乌纱翼善冠,下身穿黄素绫裤,足蹬红素缎高绣靴。万历帝尸体亦腐烂,仅存骨骼。