明教的来源可以上溯到唐朝。原来叫摩尼教，是波斯人摩尼所创。这个教是一个大杂烩，搀合了基督教、袄教、佛教而成为一个新的宗教。主要的教义是二宗三际；他们认为世界上有两种不同的力量，叫作明暗二宗，明是光明，是善，是理；暗是黑暗，是恶，是欲。这两种力量对立斗争，经过三际，叫做初际，中际，后际。初际明暗对立，是过去；中际明暗斗争，是现在；后际明暗复位，是未来。明教的神叫明使，也叫明尊，明王。唐武后延载元年（BC694）传到唐朝，受到政府的保护。到九世纪中期，唐武宗会昌五年(BC845)禁止佛教，明教也被禁止，不许传播。从此明教成为秘密宗教，转入地下活动。元朝时期袁州慈化寺和尚彭莹玉积极传播明教教理，利用明教势力发动农民起义，反抗元朝蒙古贵族的压迫。起义军因头裹红巾而称之为红军。明太祖朱元璋就是参加刘福通领导的红军，在斗争中渐渐获得领导权，进而成为明朝的开国皇帝的。明朝之所以称做“明”也和明教起义有关。
